Die Kirchengemeinde Berlin wurde am 28. Februar 1969 durch Beschluss und Segen des Serbischen Patriarchen German, gemäß der Verfassung der Serbisch-Orthodoxen Kirche gegründet. Im selben Jahr wurde der erste Kirchenvorstand berufen.
Anfangs wurde die Pfarrei von Priestern aus anderen Städten betreut, bis im Jahre 1970 Protosingelos Silvestar Vucovic zum Gemeindepriester ernannt wurde. Mit seiner Ankunft begann sich das kirchliche Leben regelmäßig zu entwickeln.
Die ursprüngliche Gottesdienststätte befand sich von 1971 bis 1982 in der evangelischen Militärkirche am Südstern. Von 1982 bis 1988 nutzten die Berliner Serben die Kirche der Griechisch-Orthodoxen Kirchengemeinde und die Kapelle der Evangelischen Kirche im Stadtteil Wedding für ihre Gottesdienste.
Im Januar 1990 wurde Priester Dragan Sekulic zum Gemeindepriester von Berlin ernannt. Im selben Jahr wurde die heutige Kirche, die ehemalige Friedenskirche, von der Evangelischen Kirche erworben.
Im April 2008 kaufte die Kirchengemeinde eine weitere Kirchemit Gemeindezentrum im Bezirk Tempelhof, so dass die Kirchengemeinde Berlin heute aus drei Pfarreien mit zwei Kirchen besteht.