Црквена општина Берлин основана је 28. фебруара 1969. године, одлуком и благословом Патријарха српског Германа, а сагласно са Уставом Српске православне цркве. Исте године именован је први црквени одбор.
У почетку парохију су опслуживали свештеници из других градова, да би 1970. године био постављен парох, протосинђел Силвестар Вучовић. Његовим доласком црквени живот почиње редовно да се развија.
Првобитно богослужбено место било је у војној евангелистичкој цркви на Südstern од 1971. до 1982. године. Од 1982. до 1988. године берлински Срби користили су за своје богослужбене потребе храм Грчке православне цркве као и капелу Евангелистичке цркве у берлинској четврти Вединг.
У јануару 1990. године за берлинског пароха постављен је јереј Драган Секулић. Исте године купује се садашњи храм, бивша Friedenskirche, од Евангелистичке цркве.
У априлу 2008. године Црквена општина купила је још један храм са црквеним центром у берлинској четврти Темпелхоф, тако да данас Црквену општину Берлин сачињавају три парохије са два храма.