Са губитком слободе и државне независности, отпочело је мученичко доба за Српску цркву и народ. После Битке на Косову 1389. године и пропасти српске државе, Турци су се највише окомили и гонили хришћанску веру. Најгоре су пролазили свештеници и монаси, који су учили, тешили и храбрили свој народ. Цркве и манастири немилосрдно су рушени, паљени, претварани у џамије. Са храмова су скидана звона, преливана и од њих прављена оруђа. У таквим тешким приликама укинута је Српска патријаршија 1459. г. Време од укидања Патријаршије у време патријарха Данила II па до њеног обнављања 1557. г. представља најтамније доба у историји Српске православне цркве.
Сабор у Призрену пред Косовску битку, Дело Стевана Тодоровића (1832—1925) iz 1899.
После пада деспотовине 1459. године убрзано су губиле самосталност и остале српске области: Босна је пала под Турке 1463. године; Херцеговина 1482. године, а Зета се одржала до 1499. године. Крај 15. века донео је свим српским црквеним областима турско ропство.
Обнављање Српске Патријаршије
И поред свих невоља доживљаваних у том добу, ипак се у српском није угасила вера и љубав према својој православној цркви. Они су се окупљали око старих задужбина, манастира и цркава, које су Турци поштедели, и тамо уз молитву и гусле тражили утеху и црпили снагу да истрају, надајући се бољим временима. Обнављањем Пећке Патријаршије 1557. године почиње нова епоха у историји Српске православне цркве и српског народа. Обновљена Патријаршија извршила је верско и национално уједињење народа и у своме постојању и раду учинила да је српски народ могао опстати верски и национално будан за време дугог ропства под Турцима. Обнављању Патријаршије допринеле су и тадашње политичке прилике и државни интереси Турске, којој је било потребно и корисно измирење са српским народом.
Бој на Косову, Адам Стефановић (1832—1887) из 1870.
1557. године, 100 година од укидања Пећке Патријаршије, јавља се калуђер Макарије Цоколовић, да уз свога брата Везира Мехмед Паше, кога су Турци као манастирско ђаче одвели и потурчили, оствари давнашњу жељу—да обнови Патријаршију. Уз помоћ свога брата, Макарије добија од турског султана ферман којим се обнавља Српска патријаршија а Макарије постаје патријарх.
Коначно укидање Пећке Патријаршије
осле патријарха Макарија, на трону српских патријараха у Пећи било је много добрих и родољубивих Срба, који су се свим снагама борили за добро своје цркве и народа. Касније је било и много Грка , који су вољом Турака долазили на трон српских патријараха. Исто се дешавало и са епархијама, на које су све више долазили Грци за епископе. Они нису нити хтели, нити су за то били постављени да раде у корист српског народа и за напредак Српске цркве. Знајући да је црква стожер и матица српског народа, Турци су се трудили како би је обезглавили, да би и њу и народ лакше могли подјармити. У томе су им у многоме помагали и на руку ишли Грци на патријаршијком трону. Најпосле, пећки патријарх Грк Калиник II, у споразуму са цариградским патријархом Самуилом I, предложи да се Пећка патријаршија укине, што турски султан својом одлуком 1766. године и учини и споји је са цариградском патријаршијом.
Укидање Патријаршије, иако није дошло изненада, болно је одјекнуло у народу. За нешто више од 200 година народ је био навикао да му се на челу, у временима бурним и често безнадежним, налазе патријарси његове крви, у којима је гледао народне старешине. Сада се осећао сасвим обезглављеним. Нестало је не само Срба патријарха него скоро сасвим, више црквене јерархије. Црквене и народне бриге преузело је ниже свештенство и носило их дуго времена, свесно ослањајући се све више на народ.
Сеоба Срба под Патријархом Арсенијем III Чарнојевићем 1690. године